Žemaičių Kalvarijos miestelis (buvę Gardai) įsikūręs prie kelio Mažeikiai -Plungė, Telšių apskrityje. Istoriniuose šaltiniuose Gardai minimi dar 1253 m. Jie priklausė Alsėdžių valsčiui, kuris su kitais valsčiais Vytauto buvo užrašytas Žemaičių vyskupams. Vyskupas Stanislovas Kiška (1619-1626 m.) pastatė Garduose ant šv. Jono kalno šv. Jono Krikštytojo koplyčią, kuri 1622 m. buvo perstatyta ir tapo pirmąja Gardų parapijos bažnyčia. Pagal kitus šaltinius parapija buvo paskelbta 1636 m.
Gardus išgarsino Žemaičių vyskupo Jurgio Tiškevičiaus įsteigti Kryžiaus keliai. 1637 m. vyskupas į Gardus pasikvietė vienuolius dominikonus, pavesdamas jiems aptarnauti parapiją. Per 1637 - 1642 m. Garduose buvo pastatyta 19 Kryžiaus kelių koplytėlių. Vyskupas pats išrinko vietas koplyčioms, žingsniais išmatavo kelią nuo vienos koplyčios iki kitos, kad būtų tokie atstumai, kaip Jeruzalėje. Pastatęs koplyčias, jis pats, eidamas nuo vienos koplyčios prie kitos, barstė žemę, specialiai tam parvežtą iš Jeruzalės. Savo užrašuose tas koplyčias J. Tiškevičius vadino Viešpaties Kančios koplyčiomis, o Gardus Jeruzale arba Naująja Jeruzale. Vėliau vyskupas Gardus pradėjo vadinti Žemaičių Kalvarija, gal norėdamas čia įsteigtas kalvarijas atskirti nuo kitų.
Neužilgo Žemaičių Kalvarijoje gausiai pradėjo lankytis žmonės. 1649 m. liepos 4 d. į Švč. Mergelės Marijos Apsilankymo bažnyčią iškilmingai įnešta iš Liublino dominikonų vienuolyno gauta Šv. Kryžiaus relikvija. Tiksli naujos Švč. Mergelės Marijos Apsilankymo bažnyčios pastatymo data nėra žinoma. Nuo 1649 metų liepos 2 dieną prasideda didieji Kalvarijos atlaidai. Didžiausios iškilmės būna pirmą sekmadienį po liepos 2 d., nes tada buvo atnešta relikvija.
1749 -1750 m. vyskupas Antanas Tiškevičius pastatė naują didelę medinę bažnyčią, suremontuotos Kalvarijų koplyčios, dalis jų perstatyta. Nors vysk. A. Tiškevičiaus statyta bažnyčia buvo dar geros būklės, 1780 m. padėti naujos mūrinės bažnyčios pamatai. Bažnyčios projekto autorius architektas Augustinas Kosakauskas, jos statyba užsitęsė nuo 1785 iki 1822 m.
1842 m. sudegus vienuolyno pastatui su biblioteka, kitais metais buvo pastatyti nauji dviejų aukštų mūriniai vienuolyno namai. 1889 m. vienuolynas uždarytas ir perduotas pasauliečiui kunigui.
1896 m. užsidegus miesteliui bažnyčia smarkiai apdegė. Po gaisro 1897 - 1902 m. bažnyčia atstatyta pagal architekto Serbinovičiaus projektą, paaukštinti bokštai, įrengti 3 altoriai, sutvarkytos kai kurios koplyčios. Nuo 1927 m. Žemaičių vyskupo Justino Staugaičio pakviesti Žemaičių Kalvarijoje įsikūrė marijonai, kurie tęsė dominikonų tradicijas.
Sovietmečiu - 1948 m. - vienuolynas uždarytas, nuo 1964 m. iki 1989 m. miestelis vadintas Varduva. 1988 m. popiežius Jonas Paulius II Žemaičių Kalvarijos bažnyčiai suteikė mažosios bazilikos vardą.
Žemaičių Kalvarija garsėja laikomu stebuklingu Švč. Mergelės Marijos su kūdikiu paveikslu. Pasakojama, kad jį iš Romos parvežė klierikas, o vėliau vienuolyno vyresnysis Petras Pugačevskis. Paveikslas, atvežtas dar vyskupaujant Jurgiui Tiškevičiui, iš pradžių buvo laikomas dominikonų vienuolyne, vėliau iškilmingai perkeltas į bažnyčią ir įrengtas didžiajame altoriuje. Žmonės prie jo patirdavo įvairių malonių ir stebuklų. Jų tikrumui ištirti buvo sudaryta komisija, kuri išklausiusi liudininkus 1643 m. gegužės 3 d. parašė protokolą. Juo remdamasis Žemaičių vyskupas Jurgis Tiškevičius paskelbė pavekslą stebuklingu. Stebuklai buvo surašomi į knygą, kuri sudegė per 1896 m. gaisrą.
1644 m. Žemaičių Kalvarijoje įkurta parapinė mokykla, kuria rūpinosi dominikonai. Šioje mokykloje mokėsi būsimasis vyskupas, rašytojas M. Valančius, istorikas S. Daukantas, senosios lietuvių raštijos darbuotojai Vladas ir Vincentas Juzumai, Antanas Savickis ir kt (1836 m. caro valdžia mokyklą uždarė). Be to Žemaičių Kalvarijoje gyveno pirmosios lietuviškos maldaknygės autorius kunigas Jurgis Kasakauskis.
Kasmet liepos pradžioje į Žemaičių Kalvariją suvažiuoja tūkstančiai maldininkų. Švenčiausios Mergelės Marijos apsilankymo atlaidai prasideda lipos 1 d. mišparais ir baigiasi liepos 12 dieną. Žinoma, kad į Kalvarijos atlaidus 1767 m. buvo suvažiavę 15000 žmonių. Nepriklausomos Lietuvos laikais suvažiuodavo ir sueidavo apie 20000 - 30000 maldininkų, jų tarpe apie 100 kunigų. Per 300 m. jubiliejų 1937 m. apsilankė apie 100000 maldininkų. Dabar į Žemaičių Kalvarijos atlaidus atvyksta virš 50000 žmonių, iš jų apie 20000 priima Švč. Komuniją.
Žemaičių Kalvarijos koplyčios, kaip ir stacijos, vadinamos įvairių Kristaus kelio vietų vardu. Jos skirtingo dydžio ir pavidalo; vienos jų medinės, kitos mūrinės. Kadangi stotys susietos su dominikonais, tai jų yra 19 (pranciškonų Kryžiaus Kelyje yra tik 14 stočių).