Marijampolės miestas, įsikūręs prie Šešupės krantų, yra Sūduvos regiono centras. 1667 m. Kauno pavieto mokesčių sąrašuose pirmą kartą minimas Pašešupio kaimas. 1717 m. kaime pastatyta koplyčia, pamažu kūrėsi miestelis. 1736 m. metrikų knygose Pašešupis pirmą kartą paminėtas Starapolės vardu. 1750 m. Prienų seniūno žmona grafienė Pranciška Ščiukaitė - Butlerienė pakvietė į Starapolę nuolatinį kunigą, marijoną. Grafienė prie Šešupės ir Jeronio upelio pastatė naują bažnyčią ir marijonams skirtą vienuolyną. 1758 m. rugsėjo 13 d. įvyko iškilmingas marijonų įvesdinimas į naująją bažnyčią. Aplink vienuolyną besikuriantis miestelis buvo pavadintas Marijampole. Neužilgo Starapolė ir Marijampolė susijungė. 1792 metais miesto teisės ir antspaudas suteiktas Marijampolei, Starapolės vardas ilgainiui išnyko. Pirmasis Starapolėn atvykęs marijonas buvo čekas Adalbertas Strachas, tačiau praslinkus keliolikai metų visi marijonai buvo lietuviai. 1809 m. sudegus medinei Marijampolės parapijos bažnyčiai, pamaldos laikytos taip pat medinėje stoginėje, kurią 1818 m. nugriovė audra. Susirūpinta naujos mūrinės bažnyčios statyba. 1824 m. statybos darbai buvo baigti, tų pačių metų rugsėjo 5 d. bažnyčia konsekruota Švč. Arkangelo Mykolo titulu. XIX a. II pusėje ir XX a. I pusėje bažnyčia kelis kart buvo didinama, pristatytas frontonas, du gražūs bokštai, dvi koplyčios. Po 1863 m. sukilimo marijonų vienuolyno teisės ir veikla buvo labai suvaržytos. Dalis vienuolių išvažiavo į užsienį, nemažai jų ištremta į Sibirą. 1904 m., likus tik keliems nariams, vienuolynas buvo uždarytas. Nuo visiško sunykimo marijonus išgelbėjo kun. Jurgis Matulaitis (1871 - 1927). 1909 m. jis slapta įstojo į marijonų vienuoliją, priderino jos įstatus prie naujų laiko reikalavimų. 1910 m. popiežius Pijus X patvirtino pertvarkytą vienuoliją. 1911 m. Marijampolėje mirė paskutinis senųjų įstatų marijonų vienuolis, ordino generolas, Šv. Arkangelo Mykolo bažnyčios klebonasVincentas Senkus. Kun. Jurgis Matulaitis tapo marijonų generolu ir juo išbuvo iki pat mirties. 1917 m marijonams sugrįžo Marijampolės vienuolynas. Tarpukario Nepriklausomoje Lietuvoje vienuolynas išaugo, išplėtė savo sielovadinę, kultūrinę bei šviečiamąją veiklą. 1918 m. kun. Jurgis Matulaitis buvo paskirtas Vilniaus vyskupu, 1925 m. atsisakęs vyskupo pareigų, popiežiaus Pijaus XI buvo pakeltas arkivyskupu ir paskirtas Apaštaliniu Vizitatoriumi Lietuvai. Jis daug nuveikė steigiant bažnytinę Lietuvos provinciją ir parengiant konkordatą. J. Matulaitis mirė 1927 m. sausio 27 d. Kaune. 1934 m į Marijampolę iškilmingai buvo perkelti jo palaikai. 1953 m. pradėta ark. Jurgio Matulaičio beatifikacijos byla, 1987 m. jis paskelbtas palaimintuoju.

1989 m. Marijampolės Šv. Arkangelo Mykolo bažnyčiai suteiktas prokatedros, 1992 m. - mažosios bazilikos titulas.

Lietuvai atgavus nepriklausomybę marijonams, pogrindžio sąlygomis veikusiems sovietmečiu, buvo sugrąžinti vienuolyno, buvusios jų spaustuvės bei gimnazijos pastatai. 1999 m. rugsėjo 4 d. buvo pašventinta dalyje vienuolyno pastatų įsikūrusi naujoji Vilkaviškio vyskupijos palaimintojo Jurgio Matulaičio kunigų seminarija.